01.- “Piloto” (Parte 1)
Un accidente de coche deja al agente federal Jack Carter y a su hija adolescente Zoe aislados en la ciudad de Eureka. Un extraño accidente científico produce la desaparición de varias personas, y el caos se apodera del lugar.
02.- “Piloto” (Parte 2)
Tras quedar fuera de juego el sheriff de Eureka, Jack Carter se pone al mando de la investigación del extraño fenómeno que produjo la muerte de uno de los residentes. Es entonces cuando a Carter le es revelada la verdad sobre la ciudad y conoce a sus excéntricos habitantes. Poco después de volver a su trabajo en la ciudad, Carter recibe órdenes de sus superiores para que regrese a Eureka como sheriff.
03.- “Felices regresos”
Carter y los habitantes de Eureka asisten al funeral de Susan Perkins, cuya muerte ha dejado a su hijo huérfano. Sin embargo, la Sra. Perkins aparece poco después en la oficina del sheriff, viva. Quiere ver a su marido Walter. Ella no sabe que él ha muerto y afirma no haber tenido ningún hijo. También aparece en la ciudad una figura fantasmagórica. Jack entra a vivir en su nueva casa y “conoce” a S.A.R.A.H., la inteligencia artificial que la controla.
04.- “Antes que lo olvide”
Jack Carter dispara “por accidente” a Henry. Tanto Carter como otros habitantes de Eureka sufren pequeñas pérdidas de memoria. Estos hechos coinciden con la visita a la ciudad de un importante científico. Él es la clave de estos extraños lapsus de memoria.
05.- “Invasión”
Tras el visionado de una extraña película pirata, Spencer (el ayudante de Henry) afirma haber sido abducido por alienígenas. Carter reconoce que el joven está en estado de shock pero no cree en la teoría alienígena. Sin embargo, pronto otros asistentes a la emisión comienzan a actuar de modo extraño y pretenden matar a un Congresista de visita en Eureka.
06.- “Invulnerable”
Nathan Stark ansía obtener los secretos de un misterioso artefacto que se halla en una zona de alto secreto en Global Dynamics. Cuando Carl Carlson, un brillante científico está investigando la regeneración celular, el artefacto explota, destruyéndolo todo. Stark le despide, pero Carlson se da cuenta de que ahora tiene el poder de curar.
07.- “Dr. Nobel”
Fargo y Spencer activan sin querer una bomba altamente destructiva. Carter debe ayudar al Dr. Irvin Thatcher –un científico retirado— para que les ayude a apagar el dispositivo antes de que sea demasiado tarde.
08.- “Competencia”
Carter está investigando un extraño accidente de coche. La accidentada afirma que algo invisible se precipitó contra su coche. Mientras tanto, Stark se halla bajo una gran presión para conseguir resultados de un proyecto que puede tener relación con el accidente y también con el nuevo amigo de Zoe, Dylan.
09.- “Inteligencia artificial”
Callister Raynes, el alumno estrella de Eureka regresa al hogar. Cuando Raynes provoca el caos y tanto Eureka como Global Dynamics están amenazadas de destrucción, Stark debe hacer una elección muy difícil. Carter intenta localizar a Zoe, que ha escapado con Raynes.
10.- “Primario”
Los “nanitos” creados por Taggart pueden curar heridas casi al instante, pero Fargo ha inventado el “ratón mental”, un dispositivo que une el cerebro humano con un ordenador. Cuando estos dos inventos interactúan, Eureka se enfrenta a unas consecuencias catastróficas.
11.- “Neblina púrpura”
Carter no entiende por qué casi todo el mundo en Eureka actúa de manera más extraña de lo que es habitual. Debe averiguar qué les ha afectado –o infectado—antes de que un alterado Stark libere sobre el mundo la ira del artefacto que guarda.
12.- “La casa de las normas”
Preocupada por la interacción negativa que observa en los humanos de Eureka, S.A.R.A.H decide actuar y conduce a varios habitantes de Eureka hasta la casa y les encierra dentro. Al principio la situación es más que nada molesta, pero pronto una Inteligencia Artificial militar homicida, llamada B.R.A.D se activa y las cosas se ponen muy feas.
13.- “Una vez en la vida”
Cuando Stark está realizando una prueba con el artefacto secreto de Global Dynamics, de pronto se produce un destello y la historia de Eureka avanza hasta 2010, Carter lleva en Eureka cuatro años, todo va bien, la armonía familiar está presente… Sin embargo, estos cambios temporales anuncian una peligrosa anomalía que amenaza con robarle a Carter y a sus amigos todo aquello que aman.